Los atacameños tienen una economía tradicional de base agroganadera la que practican en un territorio integrado por diferentes pisos ecológicos, los cuales identifican, clasifican y explotan de diferente forma según los recursos que ofrece, sean éstos económicos, alimenticios, medicinales, rituales y tecnológicos.
La agricultura se desarrolla en los oasis y, en especial, en las terrazas de las quebradas utilizando sistemas de andenerías y técnicas de irrigación con manejo hidráulico. La actividad ganadera es de tipo tradicional, históricamente de llamas y alpacas y en la actualidad en aumento la de ovinos, caprinos y mulares, de los cuales obtienen lana, carne, pieles y en ocasiones son aprovechados como animales de carga (llamas y especialmente mulares).
La recolección de leña y plantas, sobretodo medicinales, así como de los frutos del algarrobo y el chañar para preparar harinas y bebidas, son actividades económicas igualmente importantes. Las unidad productiva básica es la familia y ocupan un territorio amplio y disperso, que les exige desplazarse hasta decenas de kilómetros para acceder a las diferentes localidades donde se encuentran sus recursos económicos. Así las tierras agrícolas de una familia pueden estar divididas en varios predios, tanto dentro como fuera de su lugar de habitación permanente. Este sistema, que opera bajo un régimen tradicional de organización social de parentesco y alianzas, tiene por objeto el acceso, la complementación y el control de los recursos existentes en los diferentes pisos ecológicos de este territorio. Del mismo modo, se practica una horticultura dirigida al autoconsumo con múltiples cultivos, sembrando en un mismo terreno diferentes productos como papas, quínoa, tunas, maíz, calabazas, zapallos, ají, entre otros, utilizando de manera óptima el agua y los nutrientes de la tierra. Hoy, sin embargo, el monocultivo centrado en hortalizas de buena comercialización en los mercados regionales, aumenta generando presión sobre el recurso agua y las tierras agrícolas ‘comunitarias’, a la vez que desestructura el control, la gestión y la posesión de los recursos, como las bases de poder y autoridad de la comunidad. El pastoreo, por otra parte, se organiza bajo un sistema de control de terrritorios con pastos y vegas de propiedad comunal, aunque también existe un reconocimiento de sectores pertenecientes a una familia determinada.
Actualmente, la introducción de ganado lanar y la paulatina disminución de los rebaños de camélidos domésticos, acrecentado por el desecamiento de las vegas altoandinas, han provocado el progresivo abandono de las estancias pastoriles más alejadas y de los pisos ecológicos puneños. El intercambio o trueque que se practica en menor medida, actúa como mecanismo de acceso a productos distantes, especialmente de Bolivia y el noroeste argentino, revitalizando el sistema de relaciones sociales y entre diferentes comunidades. Finalmente, a las actividades económicas tradicionales atacameñas se suma la integración al mercado por medio de la inserción de indígenas al trabajo asalariado en núcleos urbanos y a la venta de sus productos en los mismos mercados.