Los actuales diaguita se localizan en el Norte Chico, en los valles del río Huasco y del río Choapa, donde han constituido sus comunidades indígenas teniendo como antecedente a los antiguos “pueblos de indios” del periodo colonial. La mayor parte de la población habita en la cuenca alta del río Huasco, particularmente en la zona del río Tránsito o Huasco Alto, de la Comuna de Alto del Carmen. Otras comunidades diaguita se localizan en Vallenar y Freirina o Huasco Bajo y más al sur, en Chalinga, en el valle del Choapa.
La zona del Huasco Alto se caracteriza por un ambiente semiárido y geografía precordillerana, con valles encajonados entre quebradas y grandes montañas. El valle esta regado por el río Tránsito que se forma de los afluentes Valeriano, Cazadero, Conay y Chollay. Estos ríos nacen en los cordones más altos de la cordillera de los Andes. En el valle existen grandes terrazas utilizadas para la agricultura y para el asentamiento de la población indígena. De la confluencia del río Tránsito con el río Carmen, nace el río Huasco que corre hasta el mar. El territorio del Huasco Alto varía en altura entre 1500 y más de 6000 msnm, con climas de desierto frío y desierto de tundra de montaña. En términos vegetacionales, presenta un piso preandino (1500 a 2700 msnm) cubierto por hierbas y cactáceas que incluye a los fondos de valles y quebradas bajas. Le sigue el piso subandino (2700 a 3500 msnm) con gramíneas y cobertura arbustiva, el piso andino inferior (3500 a 4250 msnm) formado por variedad de pastos, pequeños arbustos y plantas acojinadas y, finalmente, el piso subnival o desierto andino (4250 a 4.500 msnm) con escasos pastos de gramíneas.
Respecto de la comunidad diaguita de Chalinga, esta se localiza en el valle homónimo en el curso medio del río Choapa, vecino a la ciudad de Salamanca. El río Choapa nace en la cordillera de los Andes por la confluencia de los tributarios Totoral, Leiva y del Valle. Aguas abajo y dentro del ambiente de precordillera, recibe las aguas del río Cuncumén y Chalinga. En esta zona predomina el clima desértico marginal bajo, caracterizado por la influencia oceánica, las precipitaciones invernales, cielos despejados, baja humedad y temperaturas con una elevada amplitud térmica diaria.